公元 4 世纪
东晋葛洪《肘后备急方》记载，用粪清治疗食物中毒、腹泻并濒临死亡的患者，“饮粪汁一升，即活”。
1590 年
李时珍《本草纲目》中描述了使用粪水或发酵粪便有效治疗二十多种适应症。
1958 年
Eiseman 等人首次将粪菌灌肠用于重度伪膜性肠炎患者。
2013 年
肠菌移植首次写入美国复发性艰难梭菌感染（CDI）治疗指南。
2018 年
FMT 获得广州市发改委批复，具有正式收费编码。
2019 年
国家《生物医学新技术临床应用管理条例（征求意见稿）》将 FMT 列为中低风险生物医学新技术。
2022 年
《菌群移植标准化方法学的建立与临床应用中国专家共识》发表。
2026 年
国务院第 818 号令正式施行，常规 FMT 按成熟医疗技术管理，鼓励各级医院开展。
